Dans le domaine de la coopération, l’Université voudrait retrouver ses « moments de gloire » qui datent de l’ancien Centre Universitaire. Sur le plan national, elle entretient des rapports de coopération et de collaboration avec la grande majorité des Institutions Universitaires et de recherche. L’Université assure la tutelle académique de nombreux Instituts Privés de l’Enseignement Supérieur (IPES). Elle collabore avec le Ministère de l’Agriculture et du Développement Rural, le Ministère de la Recherche Scientifique et de l’Innovation, le Ministère de la Forêt et de la Faune et le Ministère de l’Elevage, des Pêches et des Industries Animales. Cette coopération amène certains enseignants de l’Institution à présider des comités scientifiques des organismes nationaux de recherche. Elle s’emploie à renforcer ces liens et à s’étendre à tous les autres partenaires des secteurs public et privé.
Sur le plan international, l’Université entretient des rapports de coopération avec un grand nombre d’universités africaines qu’européennes, américaines et même asiatiques. Dans le domaine de la recherche spécifiquement, l’Université entretient des rapports de coopération avec des organismes internationaux de recherche et de développement tels que le FIS, l’IITA, le CIRAD, L’IRD, l’AUF, le Commonwealth, la Banque Mondiale etc.
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